Монастырь был основан в 1221 князем Георгием Всеволодовичем при закладке Нижнего Новгорода. Судя по названию обители (Благовещенский) можно предположить, что на монастырь возлагались миссионерские функции (он должен был распространять «благую весть» - православную веру).
В 1229 г. во время нападения на город мордовского князя Пургаса обитель была сожжена. По легенде, митрополит Московский Алексий, направляясь в Золотую Орду, не нашел пристанища ни в одном из нижегородских домов и был вынужден остановиться на ночлег у развалин монастыря. Сидя у источника под горой и глядя на руины, он дал обет: в случае успешного своего возвращения восстановить обитель. Из Орды Алексий был отпущен «с великой честью», так как исцелил от слепоты ханшу Тайдулу, избавив тем самым Русь от нового разорительного набега. Свой обет он выполнил. В дальнейшем, несмотря на неоднократные пожары, монастырь процветал, в частности, в нем была собрана уникальная библиотека рукописных и старопечатных книг.
В 1919 г. монастырь был закрыт. Там разместилась школа, а также коммунальные квартиры, склады, ремонтные мастерские. В 1922 для помощи голодающим из храмов Благовещенского монастыря была изъята наиболее ценная утварь. В 1947 г. монастырские помещения были переоборудованы под Горьковский планетарий. В 1991 г. здание Благовещенского монастыря было возвращено Русской Православной Церкви.